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Dans les abattoirs, L’inspection des animaux vivants (ante-mortem) et des carcasses (post-mortem) joue un rôle central pour le réseau de surveillance des maladies animales et des zoonoses, pour la sécurité sanitaire des viandes et des produits carnés et pour leur qualité en fonction de l’utilisation prévue. Elle se situe au cœur des responsabilités des Services vétérinaires. L'abattage ne peut être pratiqué en l'absence d'un vétérinaire inspecteur. L’inspection des aliments est un service public en charge des agréments des établissements. Les vétérinaires officiels et le personnel auxiliaire doivent pouvoir accéder à tous les lieux ou locaux où il peut être nécessaire de procéder à une inspection. Ils sont tenus au secret professionnel et disposent de pouvoirs de police administrative et judiciaire. La refonte de la réglementation sur la sécurité sanitaire entreprise par plusieurs pays s’accompagne toutefois d’une remise en question des rôles traditionnels du vétérinaire officiel. Dans certains pays, où les acteurs économiques privés sont capables de maîtriser la mise en œuvre des mesures de sécurité sanitaire, celle-ci leur est désormais dévolue. Le rôle des Services vétérinaires évolue alors vers des missions de vérification et d’audit. La mise en place d’une approche de la sécurité sanitaire fondée sur l’analyse (HACCP) des risques présents à tous les stades de la chaîne alimentaire exige l’intégration des interventions des professionnels à chacune des étapes. Les mesures doivent être adaptées à la diversité et à la prévalence des risques dans la population animale concernée. De nombreux aspects de la maîtrise de la sécurité sanitaire des aliments peuvent ainsi bénéficier d’améliorations significatives en termes de coût et d’efficacité, notamment lors des inspections et lors des contrôles microbiologiques.
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